Sorti de Saint-Cyr, Etienne Aymonier entre dans l'infanterie de marine et sert en Cochinchine. De 1879 à 1881 il est représentant du protectorat français au Cambodge puis administrateur. Rentré en France en 1887, il devient le premier directeur de l'Ecole coloniale. Il fit de nombreuses missions archéologiques et épigraphiques, notamment à Angkor.